一天，病菌老大眼病菌兄弟们讲： “我听说这附近有个小人国，里面有许多好吃的东西，是咱们繁殖生长的好地方，咱们到那儿去吧! ”。
“好啊！”病菌兄弟们马上赞同了。
病菌老大所说的那个“小人国”，其实就是人的身体。因为病菌的个子是那样小，小到你用眼睛根本没法看见他们。所以，在他们的眼里，人的身体该是一个大国家了。
说走就走，病菌兄弟们马上动身了。他们很快就找到了一个名叫小明的小朋友——他们心目中的国家。他们想到小明的身体里去，可是小明的皮肤就象一座坚固的大城墙，他们找来找去，也找不到进城的城门。还是病菌老三眼尖，发现那城墙上有许多小圆洞，洞中竖着一根比旗杆还要高大的硬毛，原来这洞就是汗毛孔。病菌们正要往里钻，不料从洞里涌出一股水流来，把他们冲得老远。这水流又臭又酸，沾在身上很痛，使他们没法进去。后来他们才知道，这“水流”就是人们常说的汗水。
进城没门，病菌们没法进到小明的身体里去。可是有一天，机会来了! 小明不当心，把自己的手指划破了。 这下子，这座皮肤的城墙上， 就像开了一扇大城门似的，病菌兄弟们立刻从那里进去，顺着血液的河流，在血管里游动，游向全国各地，并迅速繁殖起来，一变二，二变四……
再说，人体这种“国家”是个小人国，里面有不少很小很小的居民和很小很小的士兵。这些士兵虽小，责任却很重大，他们保卫着人体的安全。当时，就有几个名叫“白细胞”的士兵，正在血液里慢慢地游动——他们正在各地巡逻呢。
忽然，他们听到了什么动静。
“不好！有敌情!”他们立刻警惕起来，刚才那种悠闲自得的神情一下子不见了，并很快地从血管里跑出来，向可疑的地方包抄过去。
白细胞们很快就发现了侵略者。
“缴枪不杀！”白细胞向敌人发出了命令。可是，敌人非但不理睬，还气势汹汹地向他们进攻呢！这下子，更惹恼了白细胞，他们也就不客气了，不断地变换自己的形状，把病菌裹住，吞到肚里去，并散发出一种“细菌抑制剂”和毒汁，把敌人消灭了不少。
可是，这些病菌也不是好对付的，他们仗着自己兵多势众，跟白细胞们狠狠地撕杀起来。白细胞抵挡不住，开始败退了。
正在这紧急的关头，白细胞的援兵到了！只见来的是一群大个子，名叫“巨噬（shì）细胞”。他们都穿着坚硬厚实的铠甲——细胞膜，十分勇敢善战。
病菌一看，情况有些不妙，心想，还是逃吧。可是，这些巨噬细胞却紧紧地缠住他们不放，还向他们射出子弹——含酶的颗粒。战斗结果，病菌老大和其他一些病菌被消灭了，只有病菌老二、病菌老三几个，在战斗打响之前，就已经随着血液的流动，偷偷地溜走了。
病菌老二、病菌老三和一些病菌慌慌张张地只顾逃命。他们不久就逃散了，几个往东跑，几个往西逃。
病菌老二刚跑一段路，就听见耳边一声吆喝： “站
住！”只见九个威风凛凛的战士站在他们面前。病菌老二知道这是补体家的九兄弟，他们都是勇敢的爆破手。
这时，补体2对其他几个补体招了招手说： “弟兄们，快！准备好炸弹，把这些坏蛋全炸死!”
补体l赶紧阻拦道：“慢着！别搞错了! 上回咱们不是出过事故吗! 都怪咱们辨别能力差，瞎冲乱撞的，把小明的肾脏细胞错当敌人来进攻，结果没有打中敌人，反而害得小明得了肾脏病。这回咱们可要小心点啊！”
补体3赞同补体1的意见，说： “大哥说得对！ 咱们不能敌我不分，还是让我先去看看吧!”
补体3跑到病菌老二面前，仔细端详了半天，摇摇头说： “辨不清，辨不清，谁知道他们是好人还是坏人。 我看，还是请抗体兄弟来辨认辨认吧! ”
正说着，抗体家的三兄弟——免疫球蛋白A、免疫球蛋白G和免疫球蛋白M来了。
抗体三兄弟眼尖，一下子就看到病菌身上的特殊标志，把病菌给认出来了! 别看他们个子小，打起仗来却十分勇敢顽强。他们把病菌抱得紧紧的，解除了病菌的毒性，还指挥补体兄弟们去搞爆破。
补体九兄弟看到抗体已经上去了，当然也不甘心落后，立刻跑上去，把病菌的细胞壁凿开一个洞，把他们全部炸毁。病菌老二当然跟其他病菌一样，也去见阎王了 ！
再说病菌老三他们正庆幸自己能偷偷溜走，却撞见迎面过来的几个小人国里的通讯兵，他们名叫淋巴细胞。 一见面，当然双方就打起来了。几个回合下来，淋巴细胞估计自己对付不了他们，慌忙到附近的据点——淋巴结里去通风报信。当他们路过B淋巴细胞们的驻地时，就动员这些B淋巴细胞： “有敌人！快准备战斗！”当他们进到T淋巴细胞们的营地时，又通知T淋巴细胞：“快！消灭敌人去!”
淋巴细胞们都从自己的营地跑出来，他们把病菌们紧紧围住，最后彻底地消灭了病菌……
小人国里的战斗结束了，小明手指上的红肿消了，伤也好了。他感谢小人国里那些英勇的保卫者——白细胞、巨噬细胞、抗体、补体和淋巴细胞。
不久，又有一批病菌进入了小人国，随着血液漂流到全国各地。小人国里的勇士们发现了这些可疑的家伙，又紧张地投入了战斗。
可是奇怪!侵略者们怎么毫无反抗呢?嘿，原来这些小人国的勇士们实在太粗心了!他们压根儿没发现这些侵略者早就死了，只不过是病菌的尸体而已，还照样十分起劲地向死尸发动进攻呢I不过，这也难怪他们；因为这些病菌的尸体跟活着的时候，样子差不多，只显得有些干瘪罢了。
原来这次战斗是医生特地给小人国战士安排的一次军事演习——他给小明打了防疫针，用已经死掉的病菌做成疫苗，把这些假敌人送到小人国来，让白血球；巨噬细胞、抗体……上一次当，作一次军事训练。通过这场军事演习，小人国的勇土们加倍提高了警惕，也变得更加勇敢、更有力量了。